Folding@home contro COVID-19

Video: Folding@home project's simulations of the COVID-19 spike protein

Video by Maxwell Zimmerman and Greg Bowman, Washington University School of Medicine in St. Louis.

Nel video una prima simulazione della proteina spike del COVID-19. I tre colori rappresentano i componenti della proteina spike; questa è la proteina che il nuovo coronavirus utilizza per infettare le cellule. Il sito dove la proteina si lega alle cellule umane, per infettarle, si trova sulla parte superiore della proteina. Utilizzando Folding@home, i ricercatori mirano a sviluppare un quadro accurato di ciò che accade durante l'infezione. La comprensione di questi dettagli potrebbe aiutare a rivelare i modi per bloccare il virus dall'infettare le cellule.

Il team di  Folding@home sta supportando i ricercatori del Memorial Sloan Kettering di New York City per sviluppare trattamenti per COVID-19. Come parte di un approccio scientifico aperto, le scoperte sono condivise con altri ricercatori, con l'obiettivo globale di sviluppare farmaci o terapie per combattere il coronavirus.

I problemi mondiali con COVID-19 hanno portato sempre più persone ad utilizzare Folding@home. Questo, a sua volta, ha portato ad un massiccio aumento della potenza di elaborazione del progetto. Il progetto ha ora superato la barriera exaFLOP, il che significa che è più potente anche del supercomputer più potente. Questo significa anche che sta effettuando oltre 1.000.000.000.000.000.000.000 di operazioni al secondo.

Il dottor Greg Bowman ha recentemente rivelato che il numero di persone che partecipano ha raggiunto un numero quasi cinque volte superiore a quello prima dell'epidemia.
Cosa state aspettando? Scaricate il software e fate anche voi la vostra parte.

https://foldingathome.org/start-folding/

Folding@home è sicuro?
Folding@home è progettato per essere sicuro. E' stato accuratamente testato e i server per esso sono dietro firewall ad alta sicurezza per mantenere tutto sicuro e protetto. Non avrete problemi a far funzionare questo software sul vostro computer.

Note spicciole

Il nostro computer riceverà un compito da svolgere a casa nel tempo libero. Noi potremo utilizzare per i nostri scopi,  accendere e spegnere il computer quando desideriamo, il programma userà il tempo libero della nostra cpu e quando il programma avrà finito questo compito a casa, lo invierà da solo al centro e ne richiederà un altro e così via…

Potremo monitorare il procedere della ricerca affidata al nostro calcolatore aprendo il browser in incognito alla pagina https://client.foldingathome.org/ sul nostro calcolatore.

Consiglio di fare un link sul desktop che apra direttamente questa pagina in una finestra in incognito.

Nel mio caso uso Chrome ho creato un link a Chrome sul desktop e ne ho editato la destinazione come.

"C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application\chrome.exe" -incognito https:"//client.foldingathome.org/ "

Quando definite un nominativo per la vostra attività ricordatevi di associare anche una password.

Se decideremo per qualche ragione di interrompere questa attività e sufficiente disinstallare FAHclient (Folding@home.org) dalle applicazioni.

Buona ricerca!

Oscar Steila

http://air-radiorama.blogspot.com/2020/03/usiamo-anche-il-nostro-computer-per.html

Radiorama n.102 - Scaricabile gratis

https://www.air-radio.it/wp-content/uploads/2020/03/Radiorama_102.pdf

Tutto quello che avreste voluto sapere sul Covid-19 , ma non avete mai avuto il coraggio di chiedere

Farsi venire in mente domande qualsiasi e' abbastanza facile , porsi le domande giuste gia' molto piu' difficile ,  formulare risposte con tanto di vere simulazioni dinamiche, quasi da fantascienza .
Pero' c'e' chi ci e' riuscito ed Oscar Steila , che ritengo una delle persone che conosco  che ha sempre le idee chiare , lo ha scovato in rete all'indirizzo :

https://www.youtube.com/watch?v=gxAaO2rsdIs

Direi che le domande giuste ci sono , gli esempi delle evoluzioni dei grafici delle simulazioni al variare dei parametri delle domande giuste pure .
Le sorprese anche .
Ci sono i sottotitoli in Italiano .
Se per caso non venissero fuori , basta attivarli dal menu' di Youtube .
Spiegato in maniera semplice e didattica , magari velocemente , ma non e' un problema visto che ci sono gli esempi ed il filmato puo' essere maneggiato come sempre come in una "moviola" .
Rimandero' qui tutti quelli che mi fanno domande alle quali non so rispondere ( tipicamente il 99% di quelle che ricevo ultimamente .....)
Un segno che non si dovrebbe trattare di una cosa " peregrina " e' alla fine l'elenco delle persone che hanno collaborato , che sembra l'elenco dopo i titoli di coda di un film.

Covid-19. Paragone idraulico per fare alcune previsioni sull'andamento

Quello che succede può essere rappresentato in forma semplificata tramite un paragone di tipo idraulico come quello della figura .
Un serbatoio che ha un ingresso rappresentato dai "malati" e due uniche uscite rappresentate da
"morti" e "guariti" .
Il livello del serbatoio , che e' il parametro che ci interessa,  e cioè l'accumulo del numero dei malati in circolazione fino ad oggi ( i cosiddetti "attuali positivi" ),sara' determinato unicamente dal bilancio tra ciò che entra ed esce dal serbatoio .
I dati che consentono analisi , valutazioni ed eventuali previsioni sul livello totale del serbatoio ( Italia ) sono quelli diramati ogni giorno tramite la protezione civile , non posso che attenermi a quelli

http://opendatadpc.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/b0c68bce2cce478eaac82fe38d4138b1

Scopo e' quello di prevedere a grandi linee l'andamento nel tempo del fenomeno , in particolare alcuni punti chiave in cui succederanno dei cambiamenti od inversioni di tendenza .

Dalla figura e' lampante che tutto sara' determinato dall'accumulo giornaliero di tre soli parametri :

- MALATI (nuovi positivi)
- MORTI ( deceduti)
- GUARITI

Sappiamo tutti benissimo cosa e' successo all'inizio .

Il numero dei malati e' aumentato rapidissimamente (esponenzialmente) con i risultati che purtroppo conosciamo .

La figura di cui sopra e' chiarissima .

Solo l'entità di entrata ed uscita possono rallentare il riempimento del serbatoio :

A) Cercare di ridurre l'entrata , quindi il contagio e quindi il numero di nuovi malati ( distanziamento sociale o vaccino contro il virus) .

B) Cercare di aumentare l'uscita , ovviamente non con l'aumento dei morti che ahimè fisiologicamente ci sono e contribuiscono a vuotare il serbatoio , ma con l'aumento di guariti , tramite nuove e migliori cure ed assistenze mediche .

Ci eravamo lasciati con la pubblicazione del 20 di questo mese , che consiglio di rileggere , in fase ancora esponenziale , con un inizio di rallentamento di questa fase :

http://air-radiorama.blogspot.com/2020/03/coronavirus-piu-semplice-di-cosi-si.html

Oggi si può confermare senza ombra di dubbio , avendo aggiunto i dati di altri dieci giorni , che, abbiamo ben rallentato rispetto alla crescita esponenziale.

Il tutto lo si può ricavare e capire dal grafico seguente ( quadratini rossi ) , rispetto alla curva esponenziale ( rombi blu) .

Vuol dire che non c'e' più incremento dei malati ? 

Purtroppo assolutamente no ! 

Vuol solo dire che la velocità di questo aumento e' diminuita .

Si va verso il massimo ( picco ) del numero dei malati che non e' ancora stato raggiunto .

Perché il fenomeno e' di accelerazione del numero di malati (esponenziale ) e' rallentato ? 

Per il provvedimento del distanziamento sociale e la maggiore attenzione alle regole igieniche .

In più e' aumentato il numero dei morti perché , pur curati , dopo un certo tempo alcuni non ce l'hanno fatta e fortunatamente anche il numero dei guariti , che dopo un certo periodo di tempo sono stati dimessi.

Il livello del serbatoio sta ancora aumentando , ma questi fattori stanno rallentando il riempimento .

La prossima domanda di tutti e' : quando si raggiungerà il massimo del livello del serbatoio ? 

Guardando la figura "idraulica" , fisicamente la risposta e' ovvia : quando le uscite dal serbatoio pareggeranno le entrate .

In questo caso , quando il numero giornaliero dei nuovi malati ( ingresso ) sara' uguale alla somma dei morti e guariti giornalieri .

A che punto siamo oggi ? 

Purtroppo ancora lontani dal punto di pareggio .

Il grafico del bilancio ingressi - uscite purtroppo e' molto irregolare , per via della raccolta dei dati dei tamponi che varia sovente e qualche volta i dati non sono completi ( segnalato di volta in volta dalla stessa Protezione Civile ) e per il fatto che in realtà dentro al serbatoio il processo di morte e guarigione ( e quindi delle uscite ) avviene in tempi sfalsati variabili tra 7-30gg. rispetto all'ingresso e quindi tutto ciò contribuisce a rendere il fenomeno non molto regolare a breve termine .

Si vede anche che i primi due punti non hanno molto senso e si riferiscono ad un periodo in cui la metodologia di raccolta dei tamponi era completamente diversa .

Il grafico e' anche stato portato in percentuale e normalizzato in scala logaritmica 

Non voglio farvi venire il mal di testa sulle ragioni per cui  .

Fidatevi che nulla cambia sulla validità  del fatto che il massimo si raggiungerà quando si avrà il pareggio entrate - uscite .

Se volessimo azzardare una previsione tirando una linea mediana tra i dati a partire dall'11 Marzo, 

fino a trovare il passaggio per lo zero ,forse andremmo al pareggio dalle parti della fine della prima settimana di Aprile o anche della seconda .

Vuol dire che a quel punto il problema e' finito , possiamo uscire e festeggiare come e più che se avessimo vinto il mondiale di calcio ? 

Fermi !!!!!!!!!

A quel punto , al contrario , avremmo raggiunto il picco massimo dei malati UFFICIALI totali in Italia , che non e' una brutta notizia , ma non vuol dire assolutamente MAGO LIBERO !

ANZI , MAGO IN CASA !

Dal grafico con i quadratini rossi si potrebbe ipotizzare un massimo dalle parti ( per fare cifra tonda ) delle 100000 unità ? 

Vedremo a mano a mano che il tempo scorre aggiungendo altri dati che possano migliorare la precisione delle previsioni .. 

QUANDO AVREMO RAGGIUNTO CRESCITA ZERO DEI MALATI , da li in poi , mantenendo attivi molti provvedimenti adottati e migliorandone altri , ci sarà una decrescita' dei malati UFFICIALI TOTALI .

Il file excel e' disponibile all'indirizzo (sempre più che grato a chiunque trovi errori od inesattezze ):

https://www.dropbox.com/s/cxjwfdgv4z92gt1/Coronavirus%20Covid%2019%20Exponential%20growth%20Linear%20ans%20Semilog%20con%20deceduti%20e%20positivi%20totali%20e%20previsione%20decreto%20ext%2013%2030%20MAR%202020%20.xlsx?dl=0

Al prossimo aggiornamento .

Usiamo anche il nostro computer per lottare contro il COVID-19 !

https://foldingathome.org/

Da Wikipedia, l'enciclopedia libera:

Folding@home è un progetto che utilizza il calcolo distribuito per simulare e studiare diversi fenomeni, quali il ripiegamento delle proteine, la progettazione di farmaci e altri tipi di dinamiche molecolari. Il progetto usa la potenza di calcolo inutilizzata di migliaia di PC di proprietà di volontari, che hanno deciso di installare e di eseguire un apposito software sul proprio computer. Il suo scopo principale è quello di determinare i meccanismi di ripiegamento delle proteine, che è il processo mediante il quale le proteine raggiungono la loro struttura tridimensionale finale, e di esaminare le cause che portano ad errati ripiegamenti delle stesse.

Folding@home è uno dei sistemi informatici più veloci al mondo. Con l'accresciuto interesse per il progetto a seguito della pandemia di coronavirus del 2019-20, il sistema ha raggiunto una velocità di circa 768 petaFLOPS, o 1,5 x86 exaFLOPS, entro il 25 marzo 2020, che lo rende il primo sistema di calcolo exaFLOP al mondo. Questo livello di prestazioni della sua rete di calcolo su larga scala ha permesso ai ricercatori di eseguire simulazioni a livello atomico di livello computazionale costose di piegatura delle proteine migliaia di volte più lunghe di quanto non fosse stato fatto in precedenza. Dal suo lancio il 1 ottobre 2000, il Pande Lab ha prodotto 223 documenti di ricerca scientifica come risultato diretto di Folding@home. I risultati delle simulazioni del progetto concordano bene con gli esperimenti.

E’ facile partecipare a questa ricerca scientifica contro il Corona virus ed altre malattie.

1) Serve un poco del tempo libero del nostro computer con una connessione a internet.

2) Si installa un software client che presenta un pannello di controllo nel nostro browser.

https://foldingathome.org/start-folding/

Possiamo collaborare in forma anonima o con un nome. Scegliere e modificare il modo di operare se durante il nostro lavoro sul PC o solo nel tempo di idle e la percentuale di potenza di calcolo impiegata. I punti che vengono assegnati permettono di fare una competizione con gli altri partecipanti, si vince il piacere di aver fatto una attività che si ritiene utile. 

Per partecipare al  CORONAVIRUS PROJECT scegliamo nel menu a tendina “Any disease”.

- Se la pagina di controllo continua a ricaricarsi, apritela in una finestra del browser in incognito.
- Se decidete di operare in modo nominativo e non anonimo usate una password.

Buona ricerca a tutti! E grazie.

Ciao

Oscar Steila